مسجد جامع بجستان از بناهاي 2 ايواني است كه در زمان ميرزا شاهرخ فرزند تيمور به عنوان جانشين وي توسط محمدبن فخرالدين بن سيف الدين مقدم بجستاني بنا شده و تاريخ اتمام آن سال 828 هـ.ق بوده كه در زمان شاه عباس توسط حاج ناصرالدين محمدبن احمد در ذي القعده سال 1024 هـ.ق تعمير آن پايان يافته است. اين مسجد از يك حياط به طول تقريبي 30 متر و عرض 25 متر، يك مدخل ورودي ويك رشته رواق، دو ايوان و يك شبستان كه مجموعاً در اطراف حياط آن قرار گرفته است تشكيل شده است. در دو ايوان شمالي و جنوبي كتيبه‌هاي قرار گرفته كه نشان دهنده سال احداث و تعمير مسجد مي باشد. چندين سال قبل محققي آمريكايي به نام برنارد اكين (bernard okane) پس از سفري به بجستان در كتابي تحت عنوان "معماري تيموري در خراسان" از مسجدجامع بجستان نام مي برد و اين مسجد را از بناهاي عهد تيموري مي داند. اين مسجد بر اساس كتيبه آن تقريباً همزمان با مسجد گوهرشاد ساخته شده است.