تنها رودخانه دائمي و قابل اهميت اين شهرستان كال شور است كه ابتدا بنام (كال دو نخ) از ارتفاعات خاوري شهرستان گناباد سرچشمه گرفته و پس از جريان يافتن به سمت شمال باختري، به همراه دو رودخانه مهم ديگر بنام كال سالار و كال شصت دره، تشكيل رودخانه واحدي را مي دهد كه كال شور ناميده مي شود. سپس با ادامه جهت به طرف باختر (غرب)، در شهرستان بجستان به كوير نمك مي ريزد، اين رود خانه پس از عبور از شهر يونسي به كال شور شهرت دارد. ضمنا اين شهرستان داراي تعداد زيادي رودخانه هاي فصلي مي باشد.